W czasie Powstania Warszawskiego spłonął dach kościoła, wnętrze wraz z wielkim ołtarzem, dwoma ołtarzami bocznymi, ambona, organy i cały budynek klasztorny. Ocalały częściowo sztukaterie na sklepieniach kaplic oraz krata. Odbudowa kościoła trwała 20 lat. Kościół należy do najpiękniejszych świątyń reformackich w Polsce. W krużgankach znajdują sie liczne tablice żołnierzy poległych w czasie II wojny światowej i Powstania Warszawskiego.

W rejonie tej świątyni walczyli i ginęli żołnierzy batalionu "Łukasiński" broniąc redut; Ratusz, Pałac Blanka, Kanoniczki, Bank Polski, Pałac Mostowskich, Arsenał oraz podczas walk toczonych o Pałac Mniszchów, zamieniony w powstaniu na szpital Maltański oraz na "Ryglu", przedpolu Banku Polskiego. Po beznadziejnej sytuacji obrońców Starego Miasta w dniu z 30 na 31 sierpnia, tu przebiegało główne uderzenie oddziałów powstańczych w celu przebicia się ze Starego Miasta do Śródmieścia, które złamało się na skutek zmasowanego natarcia Niemców. Powtańcy ponieśli ciężkie straty w zabitych i rannych, wśród nich byli żołnierze batalionu "Łukasiński".

W kościele od 1978 do 2012 roku w tej świątyni odbywały się 31 lipca każdego roku msze święte poświęcone poległym żołnierzom Rejonu IV AK w których uczestniczyli weterani walk z batalionów; "Kiliński","Chrobry I", Łukasiński", a ostatnio tylko z batalionu "Łukasiński".

W krużganku kościoła 15.02.1986 r. została wmurowana tablica upamiętniająca żołnierzy batalionu "Łukasiński".
Uroczyste odsłonięcie tablicy


Tablica po odsłonięciu


Składanie kwiatów z pocztem sztandarowym